Historická podsbírka pochází z velké části z území dnešní České republiky, resp. Rakousko-Uherska a Československa. Menší část je tvořena předměty zahraniční provenience, které pocházejí z celého světa, nejvíce však z Evropy.
Podstatná část historické podsbírky pochází z 19. a 20. století a obsahuje převážně obrazové dokumenty se vztahem k pedagogické problematice, výchově a vzdělávání. Vznikla v r. 1957 a jejím základem je dochovaná část sbírek Stálé výstavy školské (vznikla 1887, veřejnosti zpřístupněna 1890). Stálá výstava školská převzala část předmětů po muzejním odboru Pedagogického ústavu Komenského, který byl zrušen v r. 1925 (původně část těchto předmětů náležela Muzeu Komenského, které spolupracovalo se Stálou výstavou školskou). Stálá výstava školská byla zrušena v 50. letech 20. století a několik let byly sbírky uloženy v nevyhovujících prostorách kaple sv. Rocha ve Strahovském klášteře, kde zřejmě jejich velká část podlehla zkáze.
Část sbírek pochází z Musea odborných škol pro ženská povolání v Praze (zmíněno v materiálech Archivu PM JAK). V 60. letech 20. století bylo v antikvariátech zakoupeno několik set grafických listů. V posledních letech pokračuje rozšiřování fondu především nákupem školních obrazů a sbírky jsou průběžně doplňovány o dary jednotlivců a škol. Evidence Historické podsbírky byla započata v roce 1985 a je uspořádána do níže uvedených oddílů:
Školní obrazy - fond soustřeďuje soubor školních pomůcek vydávaných v různých zemích Evropy od poloviny 19. století až do současnosti a je roztříděn dle vyučovacích předmětů. Jsou zde obrazové cykly K. S. Amerlinga (50. – 60. léta 19. stol.), prvoučné a vlastivědné obrazy vydávané již od poloviny 19. století (nakladatelé: M. Trentsensky, Ed. Hölzel, K. Janský, F. Tempský či I. L. Kober). Dále Meinholdovy obrazy zabývající se „tělovědou“ i obsáhlý soubor dokumentující rozvoj řemesel a výrobních technologií vydaný na počátku 20. století a „Silozpytné obrazy a diagramy“ od jednoho ze zakladatelů Pedagogického muzea, učitele Josefa Kliky. Menší rozsahem jsou obrazy vydávané po roce 1950.
Podstatná část sbírky uměleckých předmětů se váže k osobnosti J. A. Komenského (obrazy, plastiky, plakety, medaile), součástí sbírky jsou i portréty významných českých osobností (obrazy a dřevořezby) a soubor medailí a plaket vysokých škol a univerzit (získáno darem během přípravy nové stálé expozice).
Grafika - součástí fondu je soubor vedut zachycující obrazy míst a významných budov z celého světa. Dále jsou zde obsaženy portréty našich i světových osobností, výjevy z českých i světových dějin a sociální grafika Lze tedy říci, že tento fond je vydatným pramenem pro historickou interpretaci.
Tisky - fond tvoří převážně reprodukce rozličných děl umělců z celého světa, příležitostné tisky, tisky fotografií významných událostí a osobností. Významnou součástí tohoto fondu jsou Komenského mapy Moravy ze 17.století.
Plakáty tvoří nejmenší fond historické podsbírky, který obsahuje několik unikátů z počátku 20. století. Převážně jsou zde zastoupeny plakáty z 50. a 60. let 20. století, a to z výstav pořádaných Pedagogickým muzeem J. A. Komenského.
Sbírkové předměty, uložené v depozitáři Historické podsbírky, jsou nyní postupně digitalizovány a zapisovány do počítačové evidence. Tím se do budoucna vyloučí fyzické poškození při časté manipulaci a umožní využití formou tisku při prezentaci na akcích a výstavách. Významnou měrou zároveň zjednoduší přístup badatelům, kteří sbírkový fond mohou využít jako podklady studentských a vědeckých prací.
Správce podsbírky: Mgr. Michaela Vávrová